Thay đổi quy trình, thủ tục hải quan
Đối với khai báo hải quan: So
 với khai báo hải quan hiện tại, tiêu chí khai báo hải quan trong hệ 
thống VNACCS/VCIS sẽ có tiêu chí khai báo đầy đủ hơn, vì các thông tin 
cơ bản về hợp đồng, hóa đơn, vận đơn… có thể khai trên tờ khai hải quan.
 Hệ thống VNACCS/VCIS sẽ xử lý hoàn toàn tự động từ việc tiếp nhận, xử 
lý và phân luồng với thời gian xử lý diễn ra rất nhanh (trong khoảng 3 
giây) nhờ chức năng kết nối với các hệ thống khác (e-Manifest, 
e-Invoice, e-Payment…). 
Pháp
 luật hải quan hiện tại cho phép khai báo trước 15 ngày kể từ ngày đăng 
ký. Quá thời hạn này thì tờ khai không còn giá trị làm thủ tục hải quan 
và phải hủy. Khi thực hiện hệ thống VNACCS/VCIS, người khai hải quan 
được phép khai tạm trên hệ thống, chỉ đến khi có hàng thì khai hải quan 
chính thức. Hệ thống VNACCS/VCIS được thiết kế theo hướng phải có hàng 
mới được đăng ký tờ khai chính thức. Trong trường hợp đặc biệt, việc hủy
 hồ sơ khai báo chỉ được phép sau khi được sự chấp nhận của hải quan. Hệ
 thống sẽ kiểm tra để không xảy ra khai báo trùng.
Thay đổi quy trình khai bổ sung sau thông quan: Hệ
 thống VNACCS/VCIS cho phép khai bổ sung sau thông quan. Việc đính chính
 nội dung khai báo sẽ do người khai thực hiện. Nếu hải quan phát hiện ra
 những sai sót trong nội dung khai báo thì thông báo cho người khai hải 
quan biết để hiệu chỉnh và khai bổ sung. Nếu người khai không chấp nhận 
khai bổ sung thì vẫn cho thông quan, nhưng những nghi vấn sẽ được thông 
báo cho bộ phận kiểm tra sau thông quan và điều tra. Khi đó, doanh 
nghiệp thực hiện thủ tục nộp thuế tăng thêm trên hệ thống VNACCS/VCIS. 
Tuy nhiên, việc xử lý tiền thuế nộp thừa không thực hiện trên hệ thống 
VNACCS/VCIS.
Tiếp nhận hồ sơ khai báo: Hiện
 tại, cán bộ hải quan tại khâu đăng ký sẽ tiến hành kiểm tra bộ hồ sơ 
hải quan (đối với thủ tục truyền thống) và tờ khai hải quan (đối với thủ
 tục điện tử). Khi áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS, hệ thống sẽ tự động 
kiểm tra và tiếp nhận, nếu không sẽ đánh lỗi.
Chuẩn hóa loại hình hàng hóa xuất nhập khẩu: Loại
 hình xuất nhập khẩu, hệ thống VNACCS/VCIS đã thiết kế theo hướng chuẩn 
hóa các chế độ quản lý theo Công ươc Kyoto như: xuất khẩu, nhập khẩu, 
chế độ tạm, chế xuất - gia công - sản xuất xuất khẩu, vận chuyển bảo 
thuế, phương tiện vận tải. Trong đó không phân việt giữa loại hình hàng 
hóa thương mại và phi thương mại. So với hiện hành của Việt Nam trong hệ
 thống thống kê có đến hơn 170 loại hình quản lý khác nhau, VNACCS chuẩn
 hóa còn hơn 40 loại hình cụ thể; hệ thống VNACCS hỗ trợ khai đơn giản 
đối với hàng hóa trị giá thấp.
Quản lý hàng tạm nhập tái xuất: Hệ
 thống hỗ trợ thông tin quản lý hàng hóa tạm nhập tái xuất, có chức năng
 kiểm tra thanh khoản và kết xuất báo cáo từ cấp chi cục, cấp cục, cấp 
tổng cục đối với hàng hóa tạm nhập tái xuất. 
Thủ tục hải quan đối với hàng hóa vận chuyển bảo thuế: So
 với thủ tục hiện tại, quy trình đối với hàng vận chuyển bảo thuế trong 
hệ thống VNACCS/VCIS gộp các quy trình hiện tại thành một quy trình nhằm
 mục đích đơn giản hóa, chuẩn hóa để áp dụng công nghệ thông tin (CNTT);
 hỗ trợ tối đa công tác giám sát, quản lý của cơ quan hải quan, cụ thể: 
Cấp phép vận chuyển được thực hiện tại hải quan nơi quản lý hàng hóa đi;
 Dùng chung một thủ tục khai báo cấp phép vận chuyển cho khai báo đi, 
vận chuyển hàng hóa giữa các khu vực; Hàng hóa nhập khẩu đưa vào kho của
 nhà máy gia công, sản xuất xuất khẩu, chế xuất: Khai cấp phép vận 
chuyển kết hợp khai báo nhập khẩu tại hải quan nơi đi; Khai cấp phép vận
 chuyển tại hải quan nơi đi, khai nhập khẩu tại hải quan nơi quản lý nhà
 máy; hàng hóa xuất khẩu đưa từ kho của nhà máy gia công, sản xuất xuất 
khẩu, chế xuất: khai xuất khẩu kết hợp khai cấp phép vận chuyển.
Việc
 áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS sẽ làm tăng trách nhiệm của các bên tham 
gia: người xuất khẩu, nhập khẩu, người vận chuyển, kinh doanh dịch vụ 
kho, bãi cảng…Các bên tham gia thực hiện quản lý theo yêu cầu của cơ 
quan hải quan, cụ thể như sau: Nguyên tắc kiểm tra, giám sát: Doanh 
nghiệp vận chuyển tự quản lý, hoặc hải quan kiểm tra rồi giao cho doanh 
nghiệp vận chuyển tự quản lý, hoặc hải quan hoặc doanh nghiệp kiểm tra, 
giám sát đến khi hàng đến đích. Yêu cầu khai báo thời gian dự kiến đi, 
đến của hàng hóa khi khai cấp phép vận chuyển; khai báo hàng hóa đã khởi
 hành (khai BOA); khai báo hàng hóa được vận chuyển đến đích.
Theo dõi xử lý quy trình thủ tục hải quan: Trong
 quá trình xử lý thủ tục hải quan, quá trình phân công xử lý tờ khai, 
chỉ đạo thực hiện và kết quả xử lý của lãnh đạo và chuyên viên đều được 
hệ thống lưu vết tự động. Chức năng này của hệ thống giúp kiểm soát được
 quá trình xử lý công việc của cán bộ, công chức hải quan.
Thay đổi liên quan đến nội dung thuế, thanh toán
Trị giá tính thuế:
 Hệ thống VNACCS/VCIS cho phép gộp một số chỉ tiêu của tờ khai trị giá 
theo phương pháp trị giá giao dịch vào tờ khai nhập khẩu. Do đó, về cơ 
bản, đối với phương pháp trị giá giao dịch không cần phải khai riêng tờ 
khai trị giá như hiện nay, trừ các trường hợp tờ khai có nhiều hơn 7 
khoản điều chỉnh (gồm cả I và F), vì trên màn hình khai báo có 7 ô khai 
báo khoản điều chỉnh gồm 2 khai báo cho I, F và 5 ô cho 5 khoản điều 
chỉnh khác. Hệ thống tự động phân bổ các khoản điều chỉnh theo tỷ lệ trị
 giá hóa đơn, từ đó tự động tính toán trị giá tính thuế cho từng dòng 
hàng.
Thuế và tính thuế: Hệ
 thống hiện tại không cho phép tính thuế tự động. Hệ thống VNACCS/VCIS 
hỗ trợ việc tính thuế tự động, tự động tìm thuế suất theo mã HS (đối với
 thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu), theo mã phân loại thuế suất (đối với 
các loại thuế khác: thuế VAT, thuế tiệu thụ đặc biệt, thuế tuyệt đối, 
thuế hỗn hợp…). Tuy nhiên, hệ thống cũng có cơ chế linh hoạt để người 
khai có thể tự nhập thuế suất. Bên cạnh đó, hệ thống VNACCS/VCIS còn có 
chức năng tính toán các loại thuế khác khi phát sinh (như thế bảo vệ môi
 trường, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống phân biệt đối 
xử…).
Kiểm tra, tham vấn giá: Hệ
 thống VNACCS/VCIS được thiết kế theo hướng đáp ứng chính sách quản lý 
trị giá tính thuế phù hợp với tình hình thực tế của Việt Nam, cho phép 
kiểm tra giá trong quá trình thông quan đối với các mặt hàng có nguy cơ 
gian lận cao về trị giá; cho phép tham vấn trong hoặc sau thông quan 
(theo quy định của chính sách quản lý của từng thời kỳ).
Quản lý danh mục ưu đãi miễn thuế và danh mục thiết bị đồng bộ: Hệ
 thống VNACCS/VCIS cho phép xử lý hoàn toàn tự động đối với quản lý danh
 mục ưu đãi miễn thuế. Trong hệ thống VNACCS/VCIS cũng có chức năng hỗ 
trợ quản lý danh mục thiết bị đồng bộ thông quan việc chuyển thông tin 
từ VNACCS/VCIS sang hệ thống trung gian để xử lý tự động.
Ấn định thuế trong thông quan: Khi
 hải quan tiến hành kiểm tra thuế trong thông quan, sau thông quan nếu 
phát hiện sai sót thì yêu cầu doanh nghiệp khai bổ sung. Nếu doanh 
nghiệp không khai bổ sung theo yêu cầu của hải quan thì hải quan mới 
thực hiện việc ấn định thuế. Khi đó, hệ thống VNACCS/VCIS sẽ xuất thông 
báo ấn định thuế cho người nộp thuế. Quyết định ấn định thuế sẽ do cơ 
quan hải quan cấp theo đúng quy định.
Thanh toán thuế: So
 với quy định hiện hành, người khai hải quan phải xác định trước các 
hình thức sẽ thanh toán; Một lô hàng chỉ được sử dụng một hình thức 
thanh toán; Hình thức thanh toán được bổ sung thêm thanh toán bằng hạn 
mức qua ngân hàng, bảo lãnh chung tự động trừ lùi trên toàn quốc và được
 khôi phục tương ứng với số thuế đã nộp.
Thay đổi liên quan đến quản lý rủi ro
Phân luồng xử lý tờ khai:Trên
 cơ sở các tiêu chí rủi ro (tiêu chí lựa chọn) được thiết lập trên hệ 
thống VCIS, hệ thống VNACCS sẽ thực hiện phân luồng xử lý tờ khai, thông
 qua việc đối chiếu những thông tin khai báo trên tờ khai với những 
thông tin của tiêu chí lựa chọn. Ngoài việc thiết lập các tiêu chí đơn 
lẻ trên giao diện của VCIS, trường hợp thiết lập số lượng lớn tiêu chí 
sẽ được thiết lập thông qua bảng dữ liệu (CFS). 
Nhằm
 đảm bảo tốc độ xử lý nhanh của hệ thống, chỉ một số tiêu chí trong 
trường hợp cần thiết mới được truyền dữ liệu tức thời từ VCIS sang 
VNACCS phục vụ cho việc phân luồng tờ khai. Tiêu chí lựa chọn được xây 
dựng dựa trên cơ sở các chính sách quy định của các cơ quan quản lý nhà 
nước, dựa trên việc xếp hạng đánh giá doanh nghiệp cũng như việc phân 
tích, đánh giá rủi ro của đơn vị chuyên trách quản lý rủi ro. Trong đó, 
hệ thống được thiết kế để tự động lựa chọn kiểm tra các đối tượng không 
đáp ứng các điều kiện cấp phép trên cơ sở trao đổi dữ liệu điện tử với 
các bộ, ngành khi triển khai cơ chế một cửa.
Các
 tờ khai luồng xanh không còn được hiển thị trên màn hình kiểm tra tại 
cửa khẩu, công chức hải quan chỉ có thể xử lý hoặc chuyển luồng các tờ 
khai luồng vàng và luồng đỏ.
Phân luồng cấp phép vận chuyển bảo thuế và sàng lọc thông tin manifest:Hệ
 thống VNACCS/VCIS cho phép thiết lập các tiêu chí sàng lọc thông tin 
manifest để lựa chọn có trọng điểm các thông tin trước thông quan, từ đó
 có cơ sở theo dõi và thiết lập các tiêu chí lựa chọn kiểm trong thông 
quan. Đối với cấp phép vận chuyển bảo thuế, hệ thống VNACCS cũng cho 
phép lựa chọn các đối tượng trọng điểm để kiểm tra chi tiết hồ sơ trước 
khi cấp phép. Nếu có dấu hiệu nghi vấn thì trong trường hợp cần thiết có
 thể kiểm tra thực tế hàng hóa.
Hồ sơ nhà nhập khẩu, xuất khẩu:Khi
 áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS sẽ có những thay đổi liên quan đến bộ tiêu
 chí hồ sơ doanh nghiệp như sau: Việc đánh giá, xếp hạng nhà nhập khẩu, 
xuất khẩu được tiến hành 2 lần/1năm, trên cơ sở tính điểm và tiến hành 
theo trình tự: Hệ thống tự động thực hiện đánh giá - hải quan xem xét, 
lấy ý kiến của các hải quan địa phương - Tổng cục đưa ra quyết định cuối
 cùng - cập nhật vào hệ thống để áp dụng. Xếp hạng được phân biệt giữa 
nhập khẩu và xuất khẩu (nhập khẩu: 7 hạng, xuất khẩu: 4 hạng). Các cá 
nhân, tổ chức cũng được đánh giá xếp hạng. Đối với mỗi hạng thì có các 
phương thức xử lý khác nhau và có thể được phân vào luồng xanh, vàng, đỏ
 theo tỷ lệ đã định trước. 
Hồ sơ vi phạm: Khi
 áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS sẽ có những thay đổi liên quan hồ sơ vi 
phạm gồm: Bộ tiêu chí hồ sơ vi phạm; Các sai sót (bao gồm cả những vụ 
việc đã ra quyết định xử lý, tuy nhiên phải có liên quan đến khai báo 
hoặc phải xác định được doanh nghiệp, cá nhân, tổ chức gây ra) do người 
khai gây ra trong quá trình thông quan hàng hóa để được ghi nhận trong 
VCIS phục vụ cho quá trình xếp hạng và quyết định kiểm tra. 
Hồ sơ rủi ro: Hệ
 thống VCIS có phân hệ quản lý hồ sơ rủi ro (hay còn gọi đối tượng trọng
 điểm, black-list), bao gồm thông tin về tổ chức và cá nhân có dấu hiệu 
rủi ro cao. Thông tin được xây dựng, lưu trữ tập trung tại Tổng cục và 
được phân quyền khai thác cho những công chức có thẩm quyền liên quan, 
đồng thời hiển thị khi lô hàng xuất khẩu có liên quan làm thủ tục tại 
cửa khẩu, hệ thống sẽ cảnh báo cho công chức tiếp nhận biết và xử lý tờ 
khai. 
Thông tin tham chiếu tổng hợp: Hệ
 thống VNACCS/VCIS cho phép hiển thị các thông tin tổng hợp về tình hình
 xuất nhập khẩu, vi phạm, phân luồng… của doanh nghiệp, cá nhân.
Hợp nhất, gắn liên kết doanh nghiệp, cá nhân xuất nhập khẩu: Đây
 là chức năng mới trong VCIS. Trường hợp nếu cơ quan hải quan xác định 
được một doanh nghiệp hoặc cá nhân nào đó đang thực hiện khai hải quan 
dưới các tên khác nhau hoặc có liên quan đến nhau thì chức năng hợp 
nhất, gắn liên kết doanh nghiệp, cá nhân xuất nhập khẩu cho phép thực 
hiện hợp nhất hoặc gắn liên kết để phục vụ hoạt động quản lý của hải 
quan.
Thay đổi liên quan đến tổ chức dây chuyền nghiệp vụ
Để triển khai hệ thống VNACCS/VCIS có nhiều nội dung phát sinh liên quan tới tổ chức bộ máy cụ thể gồm: 
Hình thành các đội thủ tục theo nhóm mã HS trong từng chi cục:Do
 hệ thống VNACCS/VCIS thiết kế tiếp nhận xử lý tờ khai theo từng nhóm HS
 hoặc do Hải quan Việt Nam cài đặt. Do đó, việc bố trí cán bộ tham gia 
dây chuyền nghiệp vụ sẽ phụ thuộc vào đặc thù của từng địa phương và 
linh hoạt. Theo đó, tại từng chi cục sẽ hình thành các đội hoặc các nhóm
 thủ tục chuyên về từng nhóm HS, đội về hàng chuyển phát nhanh và đội 
thủ tục về hàng an ninh quốc phòng.
Hình thành các đội quản lý rủi ro tại cấp chi cục hải quan: Hiện
 tại, mỗi chi cục đã có từ 1-3 công chức đảm nhiệm công tác thu thập xử 
lý thông tin và quản lý rủi ro, tuy nhiên chủ yếu vẫn làm việc ở chế độ 
kiêm nhiệm do hạn chế nguồn nhân lực nên chưa phát huy được hiệu quả. 
Tuy nhiên, với mô hình mới khi áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS, dự kiến các
 công chức hải quan chỉ còn xử lý khoảng 40% số tờ khai so với hiện tại,
 trong khi đó công chức không có cơ hội được can thiệp vào tờ khai luồng
 xanh, do đó nếu không tập trung tăng cường nhân lực cho việc phân tích,
 đánh giá rủi ro trong thông quan thì khả năng để lọt rủi ro (buôn lậu 
và gian lận) rất lớn. 
Thay đổi bộ phận thủ tục xử lý đối với phương tiện vận tải:Khi
 áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS, đội thủ tục phương tiện vận tải trực 
thuộc chi cục hải quan hoặc cấp tương đương quản lý cảng biển, sân bay 
quốc tế, ga đường sắt liên vận quốc tế, cảng khô (ICD), kho CSF sẽ có 
chức năng nhiệm vụ: Giám sát kho, bãi, bến tàu, sân đỗ (áp dụng các 
phương tiện kỹ thuật như camera, thiết bị RFID, cân điện tử…); Tiếp nhận
 thông tin về phương tiện đến/đi, hàng hóa đến/đi (manifest…) hành khách
 xuất cảnh/nhập cảnh; Thực hiện phân tích trước thông tin đã tiếp nhận, 
có thể bổ sung thêm chức năng chuyên trách về quản lý rủi ro cấp chi 
cục, giám sát hàng hóa vận chuyển bảo thuế.
Đối
 với cửa khẩu đường bộ: Việc thông quan cho ô tô đường bộ sẽ được thực 
hiện ghép với đội thủ tục thông quan hàng hóa. Thông tin trước về hàng 
hóa, hành khách, phương tiện (được hiểu là thông tin có trước khi đăng 
ký tờ khai) sẽ được chia sẻ trực tiếp cho đội thủ tục phương tiện vận 
tải, đội thủ tục thông quan (tại chi cục hải quan) và bộ phận quản lý 
rủi ro cấp cục hải quan. 
Hình thành bộ phận quản lý việc cấp phép vận chuyển và giám sát hàng hóa vận chuyển bảo thuế: Khi
 áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS, các chi cục cần phải xác định việc cấp 
phép vận chuyển và giám sát hàng hóa sẽ do bộ phận nào của chi cục đảm 
nhiệm trên cơ sở mô hình hiện nay đang tồn tại gồm: chi cục có cấp đội 
(chi cục có nhiều đội làm thủ tục ví dụ Nội Bài, Tân Sơn Nhất… và chi 
cục chỉ có một đội thủ tục) và chi cục không có cấp đội, hay là tái cơ 
cấu lại toàn bộ.
Hình thành bộ phận quản lý, vận hành hệ thống và hỗ trợ người sử dụng: Khi
 áp dụng hệ thống VNACCS/VCIS, việc thu thập thông tin, phân quyền và 
quản lý người sử dụng theo một quy trình khép kín từ dưới lên, vì vậy 
cần xác định bộ phận nào sẽ phụ trách và xây dựng quy trình thực hiện 
cũng như quy chế phối hợp.
Thay đổi về công nghệ thông tin
Hệ
 thống VNACCS/VCIS được triển khai tập trung tại Tổng cục Hải quan. Các 
hệ thống kế thừa của hải quan như: Kế toán thuế (KTT559), giá tính thuế 
(GTT01)… kết nối với VNACCS/VCIS để thực hiện việc trao đổi và xử lý 
thông tin. Cán bộ hải quan thông qua các máy trạm kết nối với hệ thống 
VNACCS/VCIS để xử lý và phản hồi thông tin cho người khai hải quan. 
Để
 triển khai hệ thống VNACCS/VCIS, hạ tầng công nghệ thông tin (CNTT) 
được xây dựng và nâng cấp đáp ứng yêu cầu sau: Trung tâm dữ liệu mới tại
 Tổng cục Hải quan đang trong quá trình hoàn thiện để triển khai hệ 
thống VNACCS/VCIS và các hệ thống CNTT hải quan.
Nâng
 cấp mạng WAN: Trục backbone gồm 2 đường truyền 1 Gbps. Đường truyền từ 
trung tâm miền về các cục hải quan và từ cục hải quan tới các chi cục, 
các chi cục tới Kho bạc Nhà nước: đối với các cục hải quan có trung tâm 
dữ liệu cần 2 đường (10 Mbps và 4 Mbps); đối với các cục hải quan khác 
cần 2 đường (4 Mbps và 2 Mbps). Kiến trúc mạng cũng được triển khai đáp 
ứng mô hình xử lý tập trung.
Chữ
 ký số sẽ được áp dụng trong các giao dịch điện tử giữa người khai với 
hệ thống VNACCS/VCIS của hải quan. Việc triển khai chữ ký số đảm bảo 
tuân thủ các quy định tại Nghị định 27/2005/NĐ-CP của Chính phủ về các 
giao dịch điện tử trong hoạt động tài chính (Điều 14 về sử dụng chữ ký 
số) và là sự phát triển tiếp theo của triển khai thủ tục hải quan điện 
tử (theo Nghị định 87/20102/NĐ-CP của Chính phủ) mang lại những lợi ích 
cơ bản sau: Nâng cao tính an ninh, an toàn trong quá trình trao đổi 
thông tin giữa cơ quan hải quan và các doanh nghiệp. Đảm bảo tính chính 
xác, tính toàn vẹn và tính chống chối bỏ của thông tin khai báo, góp 
phần nâng cao tính tự động của hệ thống. 
Do
 hệ thống tập trung cấp Tổng cục nên việc quản trị và vận hành hệ thống 
cũng cơ bản thay đổi so với khi triển khai các hệ thống phân tán. Điều 
này đòi hỏi sự chuyên nghiệp và sẵn sàng cao của đội ngũ cán bộ nhằm đảm
 bảo hệ thống vận hành thông suốt, hạn chế tối đa các vướng mắc phát 
sinh. 
Để triển khai hệ 
thống VNACCS/VCIS một cách hiệu quả thì cần thiết phải triển khai bộ 
phận hỗ trợ người sử dụng để kịp thời xử lý các vướng mắc về kỹ thuật 
cũng như cung cấp các thông tin về chính sách, quy định pháp luật, quy 
trình thủ tục hải quan và các câu hỏi cần giải đáp liên quan tới nghiệp 
vụ. 
Thực hiện dự án 
VNACCS/VCIS là sự kiện lớn của ngành Hải quan và năm 2013 là năm then 
chốt quyết định đến khả năng đưa VNACCS/VCIS chính thức vận hành vào năm
 2014 và cũng là năm phía Hải quan Việt Nam phải chủ động triển khai, do
 đó mục tiêu đặt ra phải thực hiện đúng tiến độ dự án.